1.辦理組合貸款涉及銀行和公積金管理中心，辦理手續復雜；
2.公積金貸款申請周期相對較長，銀行要花費較長的時間、人力、物力來辦理組合貸款；
3.提供組合貸款的銀行有限，很少有銀行能辦理組合貸款。通常情況下，公積金管理中心只與某壹家銀行合作，對於借款人申請組合貸款有很大的局限性。