因為存貨質押業務涉及到倉儲企業、貨主、銀行的利益，所以需要有壹套嚴謹完善的操作流程。
首先，業主(借款人)與銀行簽訂銀企合作協議和賬戶監管協議；倉儲企業、發貨人和銀行簽訂倉儲協議；同時，倉儲企業與銀行簽訂了協助行使質權的不可撤銷保函。
其次，發貨人按約定數量將貨物交付到指定倉庫，倉儲企業接到通知後確認開專用庫存倉單；業主當場在專用存貨倉單上進行質押背書，倉庫簽字後，業主提交給銀行申請存貨質押貸款。
其次，銀行審核後，簽訂借款合同和存貨質押合同，按照存貨價值的壹定比例，向業主在銀行開設的監管賬戶放款。
最後，在貸款期內實現正常銷售時，將貨款全額轉入監管賬戶，銀行根據收到的金額向貨主開具分提單，倉庫根據約定要求核實後發貨；貸款到期歸還後，余額可由所有者(借款人)支配。