風險補償金存量資金按照分省核算的原則。
風險補償金又可稱作風險報酬或風險價值，是投資人因承擔投資風險，要求超過貨幣時間價值的部分額外報酬。風險補償金由三部分組成：壹是每年按註冊資金的3~5%補貼；二是免征擔保行業營業稅，以及征收擔保行業所得稅，財政次年全額列支，用於支持擔保機構；三是擔保機構其他業務收入，形成三位壹體的擔保損失補充註入機制。
風險補償金比例按當年貸款發生額的5%確定，風險補償金比例根據經濟社會發展狀況適時進行調整。風險補償金具體分擔比例按照教育領域財政事權和支出責任劃分改革方案執行。
風險補償金管理
國家開發銀行收到風險補償金，應確認為遞延收益，待核銷生源地信用助學貸款損失時，計入當期損益；已核銷的生源地信用助學貸款損失，以後又收回的，相應回撥遞延收益。風險補償金若低於生源地信用助學貸款損失，不足部分由國家開發銀行承擔。
若超出生源地信用助學貸款損失，超出部分由國家開發銀行按規定進行結余獎勵返還，有關會計處理按照國家統壹的會計制度執行。