創新基金的支持方式主要有兩種:無償資助和貸款貼息。
無償資助是指財政部門根據項目金額直接向企業撥付資金，不需要企業返還，但要嚴格按照項目進行監督驗收。
貸款貼息項目是企業成立後提交銀行的付息表，根據銀行實際支付的利息，給予不超過項目金額的補助。也就是說，利息超過項目金額的，按照項目金額支付；利息不超過項目金額的，按實際利息支付。
以上兩種支持方式的區別在於，無償資助的首筆撥款為項目金額的70%，貸款貼息的首筆撥款為項目金額的80%(需提供付息票據)。
無論是無償資助還是貸款貼息，壹般項目支持金額不超過1萬元。
還有壹個要求嚴格的重點項目(之前的項目已經通過驗收，三年成長等。)，扶持金額在100-2億元之間。
壹般項目支持不低於50萬元(初創項目50萬元)，創新項目(成長期創新項目)在500-1萬元之間。