農民專業合作社破產關系到成員和債權人的利益。為了保護社員和債權人的利益，法律規定只有人民法院有權宣告合作社破產，合作社不能自行宣告破產，債權人也無權宣告合作社破產。當然，債權人可以向人民法院申請宣告債務人破產，清償債務。人民法院裁定宣告合作社破產後，由有管轄權的人民法院接管並處理合作社破產事宜。
根據《農民專業合作社法》的規定，農民專業合作社的破產適用《企業破產法》的有關規定。但是，破產財產在清償破產費用和債務後，應當優先清償破產前合作社與農民成員之間已經交易但尚未清償的款項。剩余的破產財產應當按照下列順序清償:壹是破產人所欠成員的工資、醫療、傷殘津貼和撫恤費用，所欠職工個人賬戶的基本養老保險和基本醫療保險費用，以及依照法律、行政法規應當支付給成員的賠償金。其次是除前款規定之外的破產人所欠的社會保險費和破產人所欠稅款。第三，普通破產債權。這種破產前優先清償合作社與農民成員之間已交易款項的制度，充分考慮了合作社自願聯合、民主管理互助經濟組織的特點，以及合作社盈余主要按成員與合作社的交易量(金額)比例返還的特點，充分體現了合作社為成員服務、保護成員權利的原則。