也是在80年代，程序化交易被應用於投資組合保險中。投資組合保險是根據基於Black-Scholes期權定價模型的計算機模型，利用動態地交易股指期貨來復制股票組合的合成看跌期權（Synthetic Put Option）。
這兩類策略，通常被籠統地稱為“程序化交易”，曾經被許多人指責為制造並加劇1987年的股票市場危機的罪魁禍首。
進入80年代後期及90年代，隨著電信網絡的發展，金融市場才實現完全電子化。在美國，百分位報價改革（Decimalization）把每股的最小變動價位從1/16（0.0625）美元變為0.01美元。這改變了市場的微觀結構，讓買賣競價價差可以變得更小，遏制了做市商的交易優勢，因此也降低了市場的流動性。但這個改革卻可能促進了算法交易的發展。
市場流動性的降低促使機構投資者把交易指令按照計算機算法拆分，從而讓下單指令在更有利的平均價位上成交。平均價格的基準可以是時間算術平均價(Time Weighted Average Price，TWAP), 更常用的基準價則是成交量加權平均價（Volume Weighted Average Price，VWAP）。
隨著越來越多電子交易市場的出現，其他的算法交易策略逐漸成為可能，這些策略包括期現套利、統計套利、趨勢追隨以及均值回歸等。用計算機來實現這些交易策略要更加便捷，因為計算機對轉瞬即逝的錯誤定價（Mis-pricing）反應更迅速，並且可以對多個市場的價格同時實時監控。