1、含義上的區別
銀行清算業務，指各金融機構之間通過支付中介（中國人民銀行）進行審查及轉入的金融活動。
銀行結算業務，即轉賬結算業務，也叫支付結算，是以信用收付代替現金收付的業務。是指通過銀行帳戶的資金轉移所實現收付的行為，即銀行接受客戶委托代收代付，從付款單位存款帳戶劃出款項，轉入收款單位存款帳戶，以此完成經濟之間債權債務的清算或資金的調撥。
2、方式上的區別
銀行清算包括、同城結算、異地結算、電子聯行業務。
銀行結算按結算形式，可分為現金結算和轉帳結算，結算辦法主要有銀行匯票、商業匯票、銀行本票、支票、匯兌、委托收款和異地托收承付以及信用卡等方式。
3、辦理要求的區別
銀行清算辦理需設置清算系統安全密碼使用辦法，生成本有清算密鑰和更換密鑰，接受和審查會計櫃臺傳入的匯劃清單等會計憑證，錄入或接收會計櫃臺傳來的查詢和查復信息，監控清算設備運行狀況、網絡通訊狀況、相鄰結點工作狀態，與上下聯行和有關部門聯系。
銀行結算辦理必須遵守國家法律、法規和銀行結算辦去的各項規定；各項經濟往來，除按照國家現金管理的規定可使用現金外，必須辦理轉賬結算；各單位辦理結算必須使用銀行統壹規定的票據和結算憑證，並按照規定正確填寫；銀行按照結算辦法的規定審查票據和結算憑證。
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