農村合作醫療報銷方式如下：
1、轉診備案
投保人需要攜帶本人的有效身份證件以及新農合醫療證，前往當地的農村合作醫療管理辦公室，辦理好本人的轉診備案手續。
2、出院報銷
患者需要在出院之後攜帶本人的出院小結、病例復印件以及住院費用清單等資料，前往當地的農村合作醫療管理辦公室進行報銷。
報銷程序
參加新農合的農民持合作醫療證和卡在鄉、寸兩級定點醫療機構就診時，由定點醫療機構直接減免門診補償費用，門診醫療總費用減去門診補償費用剩余部分有參保農民現金結算。參保農民因患慢性病和重大疾病在省、市、區定點醫療機構門診就診時，所產生的醫療費用由參保農民的現金結算，經各鄉鎮合管辦初審後上報至區合管辦審核。
參保農民在市內定點醫療機構住院治療的，憑合作醫療證、卡和戶口本預交壹定額度的押金後，辦理住院手續，出院時只結清自付部分，補償部分由定點醫療機構墊付。到省級新農合定點醫療機構治療的，需在相關醫院開具轉院證明。到省外公立新農合醫療機構就診必須在省級定點醫療機構開具轉院證明。