2007年11月17日，曼祖基奇完成克羅地亞國家隊首秀。2018年7月，曼祖基奇隨隊奪得世界杯亞軍。同年8月，曼祖基奇退出克羅地亞國家隊。十壹年的國家隊生涯，曼祖基奇***代表克羅地亞出場89次，打入33球。
2021年11月，曼祖基奇成為克羅地亞國家隊教練組成員。