根據上述職責，市財政局內設18個職能科室。
（壹）辦公室
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔機關財務、信息、調研、宣傳、督查、安全、保密、信訪、政務公開、接待等工作。
（二）綜合科
配合研究有關的收入分配政策和改革方案；監督管理保障性住房預算資金和全市住房公積金；會同有關方面管理土地、礦產等國有資源收入政策；擬訂政府非稅收入管理制度；負責政府性基金管理，按規定管理行政事業性收費；承擔彩票監督管理的有關工作；負責協調規範公務員津貼補貼和事業單位績效工資改革工作；管理財政票據。
（三）條法稅政科
負責宣傳貫徹國家綜合性財政法律、法規和國家財政稅收的政策；承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作；研究提出關稅稅目、稅率調整和減免稅等建議；負責財政稅源調查工作；承擔有關行政復議和行政訴訟應訴工作；承辦國家賠償費用管理工作。
（四）預算科
研究提出全市財政體制、預算管理制度和中長期財政規劃的建議；編制年度市本級預決算草案，匯總年度全市財政預算；承擔市本級部門預算審核、批復、調整工作；承擔市本級政府支出標準體系建設、項目庫管理以及專項資金績效考評工作；管理預算內外總指標，統壹辦理預算追加事宜；編制管理市本級政府債權債務以及政府投資收益；擬定市、區分配政策，承擔對縣（市、區）的轉移支付工作。
（五）國庫科
組織預算執行及分析預測，組織實施總預算會計、行政單位會計及政府會計制度；組織實施國庫管理制度、國庫集中收付制度；管理財政和預算單位賬戶、財政決算及總會計核算；承擔國庫現金管理的有關工作。
（六）行政政法科
承擔行政、政法等方面的部門預決算有關工作；負責組織執行《行政單位財務規則》等財務管理制度；管理全市行政事業單位和社會團體的非貿易外匯支出
（七）教科文科
承擔教育、科技、文化等方面的部門預決算有關工作；組織實施事業單位通用的財務管理制度，組織實施文化、新聞、出版等行業的財務制度；承擔義務教育經費保障機制改革的具體工作，按規定管理科技專項資金；承擔市本級國有文化企業財務管理的有關工作。
（八）經濟建設科
承擔發展和改革、工業和信息、環保等方面的部門預決算有關工作；參與擬訂市本級建設投資的有關政策；擬訂基本建設財務管理制度；承擔有關政策性補貼和專項儲備資金財政管理工作。 （九）農業科
承擔農業、林業、水利等方面的部門預決算有關工作；擬訂財政支農資金管理辦法和有關行業事業、企業財務管理制度；管理支農專項資金，管理政策性農業和扶貧專項貸款貼息，統籌安排財政扶貧移民資金。
（十）社會保障科
承擔人力資源和社會保障、民政、衛生等方面的部門預決算有關工作；會同有關方面管理全市財政社會保障和就業及醫療衛生支出；組織執行社會保障資金的財務管理制度，承擔社保基金財政監管工作；會同有關部門組織編制市本級社會保障預決算草案和組織匯總編制全市社會保險基金預決算草案。
（十壹）企業科
承擔商務、國資等方面的部門預決算有關工作；研究提出支持企業改革和發展的財政政策建議；參與企業國有資本經營預算的有關工作；組織實施企業財務管理的各項制度。
（十二）鄉財科（鄉鎮財政管理局）
指導全市鄉鎮財政工作；組織實施鄉鎮財政管理的有關制度和辦法；負責全市鄉財縣代管工作；參與財政涉農資金監管，協調做好財政補貼資金發放工作；指導全市契稅、耕地占用稅征收管理工作，負責市本級契稅征收管理工作。
（十三）外經科
參與研究全市利用國際金融組織和外國政府貸款的有關政策和財務規章；承擔世行、亞行等國際金融組織和外國政府貸（贈）款、擔保和聯合融資的對外談判、轉貸（贈）、償還工作；監督和管理貸款資金和國內配套資金的使用；承辦涉及港澳臺的合作與交流事務。
（十四）會計科（行政許可服務科）
組織實施國家統壹的會計準則制度、內部控制規範、註冊會計師行業規章制度；管理會計從業資格；按規定承擔會計專業技術資格管理工作；承擔指導和監督註冊會計師、會計師事務所業務的工作；負責行政許可審批事項及市行政服務中心財政窗口管理工作。
（十五）財政監督檢查局（九江市人民政府財經監督檢查辦公室，副處級）
貫徹執行財政財務監督檢查的政策和制度；監督財稅法規、政策的執行情況，承擔監督檢查會計信息質量、配合上級財政部門或接受上級財政部門委托監督檢查註冊會計師行業執業質量的有關工作，依法查處違法違規行為；反映財政收支管理中的重大問題；提出加強財政財務管理的政策建議；指導全市財政財務監督工作。
（十六）國有資產管理科
承擔行政事業單位國有資產管理工作；組織本級行政事業單位國有資產的資產清查和統計報告等基礎管理工作；承擔審批本級行政事業單位有關資產配置、使用、處置、清產核資、產權變動事項；承擔本級行政事業單位國有資產收益的監督管理。
（十七）投資評審科
承擔財政投資評審管理工作；組織對政府投資項目的概(預)、決（結）算和標底及土地成本的的評審工作。
（十八）人事教育科
承擔局機關及下屬單位的人事管理、機構編制工作；組織實施財政系統教育培訓。負責全局離退休幹部管理工作。
市政府采購辦公室。擬訂政府采購的地方規範性文件，制定全市政府采購目錄，負責政府采購事務的協調管理、監督檢查和投訴受理。
機關黨委。負責局機關和下屬單位的黨群工作。 紀檢組（監察室）。為市紀委（監察局）的派駐機構。三、聯系電話：