(1)辦公室
承擔局機關日常工作的協調；承擔黨的路線、方針、政策的系統宣傳、學習、理論研討和思想政治工作；承辦辦公室文電、會議、機要、檔案、接待和督辦工作；承擔綜合性文稿起草、安全保密、信訪維穩、人大建議和CPPCC提案辦理等工作；承擔系統的新聞宣傳和輿情信息工作；承擔制度文明的創造；承擔系統幹部職工的學習、培訓和職業道德教育；進行系統的職業技能和資格管理；承擔交通政治教育研究會的工作；承擔聯系附屬學校的相關工作。負責本系統的對外交流與合作。
(2)組織人事部門
承擔黨的組織建設和黨員管理工作；承辦機關及直屬單位幹部隊伍建設；指導和監督直屬單位的幹部人事工作；承擔機關及直屬單位的機構設置和人事管理工作；承擔本系統各類職稱的評審和職稱的聘任工作；承擔機關及直屬單位人才隊伍建設；承辦系統的統戰、對臺和僑務工作；承辦機關及直屬單位出國人員的政治審批；負責團委的工作。
(3)政策法規司
承擔交通行業地方性法規的規劃和起草工作；承擔交通行業重要文件的審查、政策研究和備案工作；承辦交通行業的行政執法、行政復議、執法監督和執法檢查；承擔交通運輸各類行政執法的協調和管理工作；開展法制宣傳教育；承辦行政訴訟案件、行政賠償事務等法律相關工作；承擔聯系行業協會和學會的工作。
(4)綜合計劃辦公室
承擔全市綜合交通運輸體系規劃的組織協調工作；承擔全市交通行業發展戰略和相關規劃的組織編制工作；承擔交通建設的綜合工作，維護交通建設市場的平等競爭秩序；承擔國家、省、市重點和大中型交通工程建設項目的組織、協調和實施；承擔重大交通基礎設施建設項目的前期工作、設計審查、後評價和竣工驗收；承擔全市岸線資源開發利用的總體規劃；承擔城市交通影響評價研究；承擔交通行業的統計、預測和信息指導工作；承擔交通行業的環境保護、扶貧開發工作。
(5)財務部
指導並組織實施交通行業有關財務會計規章制度；承擔交通建設相關資金的籌措、統籌和調度的組織、協調和實施工作；承擔交通資金分配和使用的監督工作；承擔交通資金、預決算、外匯、信貸和利用外資的財務管理工作；負責交通行業規費的征收和管理；承擔機關及直屬單位的財務和資產管理工作。
(6)安全科技處(交通應急辦公室)
承擔組織制定公路水路安全生產政策和應急預案並監督實施；負責公路、水路交通安全生產的綜合監管；指導和監督本系統的應急響應和安全監管工作；組織或參與相關事故的調查處理；承擔全市交通行業科技發展規劃和計劃的組織制定工作；承擔重大科技項目的組織實施、技術引進、創新開發以及重大科技成果的鑒定、推廣、應用和管理；承擔研究，推進智能交通建設和管理；指導和監督交通行業的質量、技術、節能減排、通信信息和防震減災工作；承擔交通基礎設施應急搶修和應急客貨運輸的組織協調工作。
(7)貨運發展部(鐵路航空工業辦公室)
承擔擬訂全市貨物運輸和交通運輸領域物流業發展的規劃和政策；承擔交通運輸領域物流市場的培育、監督、管理和服務；承擔交通物流經濟結構和布局優化調整工作；承辦交通行業外向型經濟、區域橫向經濟合作和對外交流合作；參與組織協調全市現代物流業發展；承擔全市地方鐵路運輸和地方航空運輸的產業協調發展及相關監督管理工作。
(8)港口及航運發展辦公室
承擔全市水路運輸發展的業務指導；組織編制全市水運行業和南京港的發展戰略、規劃和計劃；承擔全市岸線資源開發、利用和保護的相關管理和協調工作；承擔港航運輸發展相關政策法規的制定並監督實施；負責港口水運建設市場和港口公共基礎設施建設的綜合管理，負責港口建設和經營的行政許可審批；承擔港航信息的收集、統計和管理工作。
(9)公共交通辦公室
組織編制全市客運發展規劃，研究全市客運發展戰略；指導和監督全市客運行業年度經營計劃的制定和實施；承擔全市客運行業生產、安全供應和經營服務單位的資質審查、認證和業務指導；承擔全市客運的行業管理；承擔本市軌道交通的運營和管理；承擔各種運輸方式有效銜接的協調和管理。
市國防動員委員會交通戰備辦公室負責國防交通戰備動員工作。
機關黨委負責機關的黨群工作；負責交通行業作風建設。
離退休幹部處負責機關離退休幹部工作，指導本系統離退休幹部工作。
交通運輸工會依照工會法開展工作。
另外，按有關規定設置紀檢監察機構(審計廳及其辦公室)。