其中，中國(上海)自由貿易試驗區最大的特點是“境內通關”的特殊監管制度，即“壹線”放開，“二線”管制。第壹行是指海外與區內的關系，貨物可以自由進出；第二條線是指地區與境內的關系，從自貿區進出非自貿區的貨物要相應征稅。
其次，上海自貿區將突破現有框架，更加強調貿易和投資自由化。比如，原外高橋保稅區雖然具備了國際自由貿易園區的部分功能，但與企業的需求和經濟發展的需求仍有差距。上海自貿區相關制度的突破和創新，有利於跨國公司內部的全球配置，吸引更多金融機構在區內註冊開業。具體措施包括允許符合條件的民間資本和外資金融機構設立中外合資銀行，允許金融租賃公司在區內設立單機單船子公司，不受最低註冊資本限制，在風險可控前提下開展人民幣資本項目可兌換試點。