(壹)證書的補發
1.持證人在出境前遺失證件的，應當向原受理申請的直轄市或者地(市)級公安機關出入境管理部門提出申請，經核實後，準予換發《往來臺灣通行證》及相應的臺灣省簽註。因特殊情況，持證人來不及返回原發證地的，應當向原受理申請的公安機關說明原因，由原批準發證的省、自治區、直轄市出入境管理部門委托申請人所在地的同級公安機關出入境管理部門補發證件並簽註。
2.持證人在境外遺失證件的，可以通過民間組織或者委托其大陸親屬向公安部出入境管理局或者原受理申請的公安機關出入境管理部門提出申請，提交具體入境時間、交通工具類別(次)和入境口岸。公安部出入境管理局核實後，通知申請人擬入境口岸所在地公安機關出入境管理部門簽發有效的中華人民共和國出入境通行證，並通知擬入境口岸的邊防檢查機關準予入境。入境後，由原受理申請的公安機關出入境管理部門換發證件和簽註。
3.公安機關出入境管理部門換發證件的同時，應當將大陸居民遺失臺灣通行證的相關情況報告公安部出入境管理機構。
(2)證書更新
1.有下列情形之壹的，持證人可以申請換發新證:
(1)證件有效期不足6個月或申請簽註有效期超過證件有效期的；
(2)證件內頁用完；
(3)證書損壞。
2.申請補發或者換發證書，應當提交下列相關證明:
(1)補辦證件的，提交證件掛失地公安機關出具的證明；
(2)換發證件的，應當提交原往來臺灣通行證。如果證書損壞，應提交證書損壞聲明。
3.公安機關出入境管理部門受理申請後，應當收回原證件。核實後，審批換發往來臺灣通行證，並簽發赴臺灣省簽註。收回的證件應當登記銷毀，並報省、自治區、直轄市公安機關出入境管理部門備案。