美聯航93號航班原定於早上8點起飛，但由於當天早上機場起降數量巨大，延誤到了早上8點42分。如果按時起飛，美聯航93號航班就會和其他三架飛機幾乎同時被劫持並擊中目標，飛機上的乘客不太可能有機會組織反擊。
飛機在09:02到達35，000英尺的巡航高度。09:24，美聯航93號航班收到空管中心的警告信息:“當心有人入侵駕駛艙，兩架客機已撞上世貿中心”；09:26，飛行員要求空管中心確認上述信息，這是空管中心從美聯航93號航班上聽到的最後壹條信息。
大約09:28分，克利夫蘭的空中控制中心聽到機長傑森·達爾(Jason Dahl)大喊“滾出去”，隨後駕駛艙內壹陣騷動和尖叫聲。40秒後，更多尖叫聲傳來，期間飛機高度下降約700英尺(約210米)；空中管制員試圖聯系駕駛艙，但沒有收到回復。
機艙的總召回記錄只會保留30分鐘，所以美聯航93號航班的通話記錄最早也是從09:32開始的。09:32，空中交通管制中心聽到壹名操阿拉伯口音的男子——可能是齊亞德·賈拉(ziad jarrah)——通過無線電呼叫:“女士們，先生們，這裏是機長廣播。請留在座位上，不要離開座位。我們飛機上有炸彈，給我坐下。”賈拉很可能試圖向機艙內的乘客廣播這條信息，但她不知道自己其實是在和空管中心通話。美聯航93號航班隨後轉向東方，開始降低高度。09:39，空管中心聽到賈拉說:“哦，這是機長的通告。我希望妳們都在座位上。飛機上有炸彈，我們現在正飛回機場。到時候，我們也會提出壹些要求...(身份不明的聲音)...請保持安靜。”然後這個電話就再也沒有打出來。
劫機後發生的很多事情都是從乘客和空乘人員與地面的電話錄音中推斷出來的，很多通話都是用附在乘客座位上的信用卡支付的。大約09點32分，也就是飛機起飛後50多分鐘，驚慌失措的乘客和空乘人員開始電話聯系地面。乘客開始呼叫的時間與賈拉向乘客廣播的時間大致相同，“女士們，先生們，這是機長廣播。請留在座位上，不要離開座位。我們飛機上有炸彈，所以同時給我坐下。劫機者也註意到乘客在打電話，但他們似乎並不在意。
總共有10名乘客和兩名乘務員打電話向他們的家人、朋友和地面上的許多其他人提供信息。這與其他三個航班截然不同，在其他三個航班上，很少有乘客打電話。有了這些電話記錄，人們可以猜測當時美聯航93號航班發生了什麽，還原現場的情況。所有打電話的人都說在飛機上只看到三名劫機者，而不是四名。壹般推測，這是因為其中壹名劫機者(可能是坐在商務艙前排負責駕駛飛機的賈拉)進入駕駛艙後再也沒有出來，所以沒有被其他乘客看到。
機艙內，三名劫機者都戴著紅布頭巾，將大部分乘客和空乘人員趕至飛機後半部。兩名劫機者還持有刀具。乘客指出，第三名劫機者隨身帶著壹個小盒子。劫機者聲稱這是壹枚炸彈，但在通話中，壹名乘客表示懷疑炸彈可能是假的。在劫機開始時，另壹名商務艙乘客被暗殺。在通話過程中沒有人知道乘客的名字，但官方調查報告推測他是馬克·盧森堡——因為他是唯壹沒有打電話的商務艙乘客。此外，壹名空乘人員——可能是該空乘人員的駕駛艙主管黛博拉·威爾什(Deborah Wilsh)——在劫機開始時被劫機者扣留在駕駛艙內，與飛行員和副駕駛壹起被刺傷身亡。
乘客開始了解到，另外三架飛機——美國航空公司11號航班、聯合航空公司175號航班和美國航空公司77號航班——被劫持並撞向大樓。
商務艙乘客之壹湯姆·伯內特前後給他妻子打了4次電話，她又打給了美國聯邦調查局。伯內特在電話中指出，壹名男性乘客被刺死。然後他問妻子在其他飛機上發生了什麽。在第四個電話結束時，他對妻子說:“別擔心，我們很快就會采取行動。”
另壹名商務艙乘客馬克·賓漢姆(Mark Bingham)用信用卡付費電話給他的母親打電話，告訴她有三名劫機者劫持了飛機，並在電話中透露:“他們聲稱他們有炸彈”，但他沒有透露有關劫機者的太多細節。賓漢姆與地面的通話終於突然中斷，他再也沒有給親友回電話。
另壹名商務艙乘客愛德華·費爾特(Edward Felt)撥打了911緊急電話，向他們詢問劫機者的情況，他的通話也在中途中斷。
經濟艙乘客傑裏米·格利克(Jeremy Glick)打電話給住在紐約的妻子，指出機上有三名劫機者，其中壹人在腰間綁了壹個紅色小盒子，聲稱這是壹枚炸彈。傑裏米問他的妻子壹架飛機是否真的撞上了世貿中心，因為他聽到其他乘客這麽說。他隨後透露將參加乘客組織的“沖鋒”(攻擊駕駛艙)。
乘客琳達·格羅倫德和她的男朋友約瑟夫·德洛卡坐在壹起。她叫她姐姐艾爾莎。格羅倫德說，飛機上發生了劫機事件，其他乘客已經知道世貿中心發生了什麽，他們正在投票決定是否采取行動。
乘客伊麗莎白·瓦尼奧(Elizabeth Vanio)給繼母打電話，和她談了四分半鐘。在通話結束時，她說他們即將闖入駕駛艙，所以她不得不掛斷電話。。其他打電話給地面親屬的人包括空乘人員西西·萊利絲和桑德拉·布拉德肖。乘客勞倫·格蘭科拉(Lauren Grankola)打電話給丈夫，並給他留了壹條語音信息，告訴他“飛機上出了點問題”。空乘人員在電話中還提到，要用沸騰的熱水來對付劫機者。
聯合航空公司93號航班的高度記錄
經濟艙乘客托德·比默(Todd Beamer)試圖用座位後面的信用卡付費電話與外界聯系，但他的電話被轉接給了地面呼叫中心的壹名服務員，後者又將電話轉給了呼叫中心主任麗莎·傑斐遜(Lisa Jefferson)。比默指出，壹名乘客已經遇難，並表示壹名空乘人員告訴他，飛行員和副駕駛都被趕出了駕駛艙，很可能被刺傷。他打電話的時候，正好劫機者把飛機轉向東南方向，飛機的突然轉向也嚇了畢摩壹跳。隨後，他還告訴值班人員，有乘客正計劃“制服”劫機者。根據傑斐遜的說法，比默在電話裏喊的最後壹句話是，“妳準備好了嗎？走吧！”。“我們滾吧”這個詞在911事件後在美國家喻戶曉，成為美軍在阿富汗打擊“基地”組織時的行動代號。
不可能知道之後發生了什麽，但根據黑匣子中的記錄，劫機者在乘客能夠闖入駕駛艙之前就開始讓飛機墜毀了。雖然乘客最終是否成功進入駕駛艙不得而知，但顯然他們的行為迫使劫機者改變了最初的目標。
只有兩個電話是用手機打的，壹個是愛德華·菲爾特打來的，另壹個是空乘西西·萊利絲打來的。都是9點58分做的，之後不久飛機就墜毀了。此時飛機在大約5000英尺的高度，飛機墜毀的田野在大約2350英尺的高度。兩次手機通話都只持續了1-2分鐘，然後就中斷了。中斷時間也與飛行記錄中飛機暴漲的時間吻合。飛機飆升到大約65，438+00，000英尺後，突然開始直線下降，很快就撞到了地面。