商船三井與日本郵船及川崎汽船並稱為日本三大海運公司，以純利潤及市價總值計算居日本第壹位，而銷售額則僅次於日本郵船。商船三井的主要源流有二，分別是成立於1884年的大阪商船和1942年的三井船舶，分屬日本的兩大財團住友財閥和三井財閥。1964年，大阪商船與三井船舶合並為大阪商船三井船舶株式會社，開創了日本跨財閥大公司合並的先例。1999年4月，大阪商船三井船舶與當時日本排名第四位的海運公司Navix Line合並，改名為商船三井。
不同於馬士基等以集裝箱運輸為主的海運公司，商船三井的經營範圍涉及到各個船種。截止到2008年3月底，***計擁有各類商船845只，5,434萬重量噸，是世界最大的船隊。同時商船三井擁有業界第壹位的LNG船隊，以及強大的幹散貨船和汽車滾裝船，而集裝箱運輸領域則居世界10名左右。商船三井的集裝箱是以鱷魚扛集裝箱為標誌，是個明顯而有趣的特征。
在2008年度《財富雜誌》世界500強排名中，商船三井與馬士基、日本郵船及中遠集團作為僅有的四家國際航運企業入選。