1. 計算總利息：透支金額 × 年利率 × 透支年數
根據相關信息不足以確定具體年利率和是否有逾期罰息，假設年利率為18%。（此處為補充信息）
則總利息 = 1000元 × 0.18 × 3年 = 540元
2. 計算應還總金額：透支金額 + 總利息
應還總金額 = 1000元 + 540元 = 1540元
綜上所述，如果使用金通卡透支1000元三年沒有還款，則應還總金額為1540元。
擴展資料：
金通卡是中國農業銀行發行的壹種信用卡產品。透支功能允許持卡人在信用額度範圍內取現或支付超過賬戶余額的金額，但需要按照壹定的利率進行還款。具體的透支利率和還款方式可能因地區、時間和個人情況而有所差異，請咨詢發卡銀行或參考相關協議和政策。