POS機的手續費率壹般是按照交易量的百分比扣除，根據不同的行業，扣除的費率也不壹樣，費率的標準從0.5%到4%不等。壹般情況下，零售業刷卡手續費率為0.8%-1%，超市為0.5%，餐飲業為2%。
POS刷卡的手續費由商家承擔。商戶與銀聯或收單機構達成協議，使用這種信用卡結算服務，並據此向對方支付壹定的手續費。因此，POS機刷卡手續費將在銀行(發卡行)、收單機構和銀聯之間進行分配，分配比例為7: 2: 1。