農信社也支持跨行轉賬，但客戶需要在信用社開立個人結算賬戶，然後把要轉賬的金額存入個人結算賬戶，再通過信用社的大額支付系統轉賬。但使用這種方式進行跨行轉賬需要註意三點:壹是只有個人結算賬戶才能辦理個人結算業務；二是轉賬時知道對方銀行名稱；第三，跨行轉賬，農信社會收取壹定的手續費。
另外，如果客戶已經開通了農信社個人網上銀行，也可以通過網銀進行跨行轉賬，但也需要支付跨行手續費。