1.第壹個缺點是辦理銀行必須是公積金管理中心指定的，購房者在選擇銀行、貸款產品、還款方式等方面都會受到限制。
2.第二個缺點是組合貸款既涉及公積金又涉及商業貸款，所以要經過兩道審核程序，而商業貸款只有在抵押登記後才能放款，所以組合貸款比純商貸和純公積金需要的時間更長。
3.第三個缺點是組合貸款需要分別收取公積金和商業貸款的服務費，所以相對於純商業貸款，借款人在辦理組合貸款時可能會有更多的費用支出。