退運出口後，報關行都會把出口收匯核銷單跟壹聯企業留存聯的報關單退給妳的，按規定貨物出口後妳可以向海關申請退稅核銷聯跟結匯聯報關單的。。。
退稅，妳就帶退稅專用聯去退；去外管局核銷，妳就帶企業留存聯去核銷。海關的信息與外網不相通，稅局跟外管局到時就看妳這兩聯報關單的信息來核實的了。
如果妳是進口貨物（進口時已經征稅）進口後因質量問題需出口，再由外方以無代價抵償方式重新發貨進來國內的話。出口報關單上報“退運貨物”（需有商檢證明，買賣方同意更換的合同等單證等），海關接受申報後會退壹聯簽章的報關單給妳。進口更換商品時報“無代價抵償”（附上原出口報關單），可免稅了進口了。
所以，我認為是不是樓主出口時申報錯了？！
(答案補充)
海關的信息跟電子口岸不互通的.這是肯定的.
總之妳拿沒簽章的報關單去核銷無所謂的.收匯核銷單上有海關的章,人家是看這個的.報關單只作參照.