熔巖隊是由赤焰松所建立起來的邪惡組織，他們的目的是為了達到擴張陸地面積為了對遠古寶可夢固拉多進行深度研究，龍巖隊的每壹位成員，他們都配備了高科技設備，並且掌握非常強大的情報網，但是除了固拉多的資料，他們對其他的事情並不感興趣。
火箭隊是有阪木壹手建立，是壹個非常龐大的節邪惡組織，他們的目的是創造世上最強的寶可夢。火箭隊這個名字本來就不是很高，但是因為武藏小次郎和喵喵的三個角色制造了很多笑料，才讓火箭隊的名氣越來越高，如果說沒有他們三個的存在，火箭隊就是壹個單純的令人反感的邪惡組織。
水艦隊是由水梧桐組建的組織。他們的目的壹直想擴張大海的面積，繼續擴張，讓整個世界成為藍色海洋，水電隊的這壹個目標和熔巖隊的目的正好相反，所以說他們就會因為目的的不同而產生矛盾，並且經常大打出手，而為了實現自己的目標，水電隊配備精良的儀器追蹤蓋歐卡的行蹤，通過對蓋歐卡的大量研究，他們曾經想試圖控制蓋歐卡，但是均以失敗告終。
銀河隊就像這個名字壹樣，他們的裝扮非常華麗，然後並且擁有雄厚的資金，他們是以創造新世紀為目標，壹直在為帝牙盧卡與帕路奇犽做著充分的準備。他們四處收集情有關於這兩大神獸的情報，後來銀河隊頭目赤日被帝牙盧卡與帕路奇犽創造的異形狀空間吸入，導致銀河隊失去領導者被迫解散。
?等離子隊是壹個比較有理想和抱負的邪惡組織，他們做事情的風格非常的蠻橫粗暴，但是他們卻總是有自己足夠的理由去成功洗腦大眾讓很多人都心甘情願接受他們，但是他們實際上是在傳造謠壹個寶可夢不不受任何傷害的世界背後卻用的粗暴的手段捕捉雷希，拉姆和捷克羅姆後來他們因為某種特殊的原因被迫解散。
閃焰隊的全部成員都穿著紅色衣服佩戴極其誇張的眼鏡，他們與銀河隊的目標是相同的，都想要造就壹個美好的世界，但是做法也是非常邪惡，妄圖使用AV制造的遠古終極兵器毀滅地球上的生命體，包括人類以及寶可夢，為了達到已達到地球減壓的目的，創造出理想中的美好世界。他們做事也是不管別人只要自己開心。
骷髏隊是出現在阿羅拉地區，他們時不時會大鬧精靈學園以及試煉場，他們和火箭隊的目標是壹樣的，都是為了搶奪其他的寶可夢，但是從未真正搶奪成功過，並且總是被主角教訓。
寵物小精靈總有七大邪惡組織，他們都有著自己不同的目的，也有著美好遠大的理想，但是最終都因為主角小智壹隊而失敗。